ทหารสองนายที่ประจำการในคาซาห์คสถาน (กัปตัน Duke Hauser และคู่หู "Ripcord") ได้รับคำสั่งให้ขนส่งหัวรบพิเศษที่สร้างโดย MARS ซึ่งเป็นผู้ผลิตอาวุธที่ควบคุมโดย James McCullen เมื่อพวกเขาถูกโจมตีโดยหัวขโมย (นำโดยอนาสตาเซียเดอโคเบรย์ซึ่ง Duke มีประวัติ) พวกเขาจะได้รับการช่วยเหลือโดยหน่วยกองกำลังพิเศษสากลที่เป็นความลับสุดยอดที่รู้จักกันในชื่อ "GI Joe" ผู้นำของ GI Joe, General Abernathy (หรือ Hawk) อยู่ในเส้นทางของโจร: องค์กรชั่วร้ายที่เรียกว่า "Cobra" ในขณะที่ Duke และ Ripcord ฝึกเพื่อเข้าร่วม Joes McCullen ("Destro") กำลังแอบทำงานให้กับ Cobra และวางแผนที่จะยึดหัวรบ "Nanomite" ที่กินโลหะของเขากลับคืนมา Duke และ Ripcord (ด้วยความช่วยเหลือจาก Heavy Duty, Snake Eyes